Cuộc gặp gỡ giữa Trịnh Công Sơn và Hồng Nhung được xem là định mệnh. Điều này đã mở ra cho làng nhạc Việt một hơi thở mới. Hồng Nhung là người đã mang dương tính vào nhạc Trịnh. "Lặng lẽ nơi này" là ca khúc đánh dấu lịch sử khi lần đầu tiên Hồng Nhung hát nhạc của ông.[104] Có thể nói cô là người hát nhạc của vị nhạc sĩ tài hoa này nhiều nhất trong thập niên 90 và 2000.

Khi còn trên "cõi tạm", Trịnh Công Sơn khẳng định: "Hồng Nhung là một người quá gần gũi không biết phải gọi là ai. Hồng Nhung làm mới lại những ca khúc của tôi. Có người thích, có người không thích. Tuy nhiên tôi thích vì đó là cách biểu hiện mới phù hợp với tiết tấu của thời đại - một sự lãng mạn mới. Nó giúp mình có được chỗ ngồi trong hiện tại chứ không phải kẻ nhắc tuồng từ quá khứ".

Trước tình cảm ấy, Hồng Nhung hồi đáp lại: "Tôi chỉ có thể nói rằng, 10 năm cuối đời của Trịnh Công Sơn, tôi là người may mắn vì được gặp anh, được anh quá ưu ái, được sát cánh cùng anh như một người bạn với một người bạn, một học trò với một người thầy, một ca sĩ với một nhạc sĩ… Thật ra, nói như Trịnh Công Sơn là chuẩn nhất. Anh nghĩ tôi và anh quá thân để không biết gọi là ai, còn tôi cũng nghĩ tôi và anh thân quá để không biết gọi thế nào cho đúng. Bạn thì anh thân hơn là bạn, thầy thì anh thân hơn là thầy. Và ở giữa hai chúng tôi chắc chắn là có một tình yêu, nhưng tình yêu đó như thế nào thì tôi giữ riêng cho mình". 

Trịnh Công Sơn đã từng viết về Bống trìu mến:
Em đi đâu mà vội
Bống lòng suối thảnh thơi
Em đi đâu mà vội
Bống đùa bống đùa chơi
Em đi đâu mà vội mà vội
Bống này bống nhỏ nhoi

Ngày Bống mẹ bồng, nhẹ quá tơ tằm
Lay nhẹ Bống bồng bông
Lay nhẹ đoá Hồng Nhung.

Hồng Nhung từng chia sẻ: “Tiếng hát phát ra từ em như thế... nó là như thế! Có thể đó là vấn đề của thế hệ. Thế hệ của em sau thế hệ Khánh Ly hơn 20 năm rồi, nỗi buồn cũng khác, cách cảm cũng khác. Em được thế hệ này tạo ra, tự nhiên em phải hát nhạc Trịnh Công Sơn theo cách cảm của thế hệ mình”.[105]

Cô nhận xét: "Có lẽ giọng hát của mình không phải lý do duy nhất để anh Sơn và tôi thân thiết mà là mối tương đồng giữa những người nghệ sĩ với nhau, hay nói một cách giản dị hơn đó là cái 'duyên'."[104]

• Nhạc sĩ Trịnh Công Sơn viết tặng Hồng Nhung 3 ca khúc: "Bống Bồng ơi" (1993), "Bống không là Bống" (1994), "Thuở Bống là người" (1997).
• Album nhạc Trịnh Công Sơn - Hồng Nhung đã phát hành:
  • Album đầu tiên Bống bồng ơi (1993) với 11 ca khúc do Bảo Phúc biên tập & hoà âm. Tái bản 2006 với tên Em hãy ngủ đi (10 ca khúc)
  • Album Níu tay nghìn trùng
  • Album Thuở Bống là người (2003) với 11 ca khúc do Trịnh Công Sơn & Hồng Nhung biên tập; Bảo Phúc & Trần Mạnh Tuấn hoà âm (Album bắt đầu thực hiện từ năm 2000).
  • Album Như cánh vạc bay (2006) với 9 ca khúc do Hoài Sa hoà âm.
  • Album Có đâu bao giờ (2009) với 10 ca khúc (song ca cùng Quang Dũng) do Hoài Sa hoà âm.
• Live show nhạc Trịnh - Hồng Nhung đã thực hiện:
  • 2003: Liveshow "Thuở Bống là người"
  • 2006: Liveshow "Như cánh vạc bay"
  • 2009: Liveshow "Có đâu bao giờ" (cùng Quang Dũng)